Cercado na atualidade por um baluarte da muralha do século XVII, o Convento foi construido no último quartel do século XVI e ocupado pelos Monges Franciscanos em 1594, provenientes de um primeiro convento mais simples, nas imediações, fora da cidade. Na época espanhola, com a mudança da administração eclesiástica, em 1804, foram substituídos por monges espanhóis da Colegiada Maior de São Pedro e São Paulo da Universidade de Alcalá de Henares , que se mantiveram nele até a desenclaustração no contexto da desamortização de Mendizábal, em 1835. Posteriormente foi destinado a diferentes atividades; a última dedicada a lagar de propriedade privada, embora se projete a compra por parte do município para o seu restauro e com o fim de albergar atividades culturais.
Como o convento das Clarissas ou de São João de Deus, também este é de planta quadrada com claustro de dupla arcada no interior, embora diferencia-se pela menor dimensão e por as arcadas dos claustros não estarem separadas por cornija.
A fachada do convento é simples, destacando-se a capela, rematada por frontão em triângulo, com a porta principal no primeiro nível, adornada por molduras de cal, sem materiais nobres, imitando pilastras, entablamento e sobre este o emblema da Ordem Terceira de São Francisco. No segundo corpo abrem-se três janelas retangulares que iluminam o coro e a nave. Sobre todo o conjunto, o frontão triangular alberga no seu interior um nicho com a figura de São Francisco de Assis ao que curiosamente os velhos do lugar chamam “o robapilotas”, porque lá ficava encaixada a bola (pelota) nos seus jogos de infância. O remate central acaba em cruz de pedra e os laterais são acrotérios.
O interior do convento encontra-se bastante alterado devido aos diversos usos que teve desde que em 1835 saiu dele a última comunidade de frades. Atualmente, salvo a capela, que serve de sede à Confraria dos Operários, o resto do edifício está ocupado por um lagar.
A igreja, adossou-se depois da construção do convento. Esteve também abandonada como o resto até que, em 1868, Victoriano Parra impulsionou a ideia da sua reconstrução.
A planta é retangular, com abóbada de canhão apoiada em cornija corrida. O altar-mor não apresenta materiais nobres nem nada de especial destaque.
Na nave encontram-se 8 capelas laterais: quatro do lado do Evangelho e quatro do lado da Epístola. Todas são simples salvo a primeira do lado do Evangelho, dedicada à Ordem Terceira de Penitência, tal como indica o emblema situado sobre o arco exterior. Dita capela, denominada no século XVIII como de Santa Isabel (de Húngria), sofreu diversas modificações e melhorias ao longo do tempo, datando a última precisamente do século citado. Trata-se de uma capela com abóbada circular rematada em cúpula com lanterna. Abre-se à nave por um arco de meio ponto, em mármore lavrado nos seus capitéis e com peanhas laterais na parte central do intradorso. No interior, destaca-se um bom retábulo neoclássico em mármore cujo motivo principal está constituído por um nicho com um Cristo crucificado, ladeado por dois nichos mais pequenos e a nível ligeiramente inferior que albergaram as imagens de Santo Ivo e Santa Isabel. Por baixo do nicho principal e acima do sacrário, um vão retangular acolhia a imagem do corpo jacente de Nossa Senhora da Boa Morte, patrona desta comunidade franciscana de Olivença, colocada aqui em 1739.
Para a memória coletiva de Olivença, esta capela é referente importante por albergar no seu chão a sepultura da Venerável Maria da Cruz, professa da Ordem Terceira, falecida a 1 de janeiro de 1635, de que se conserva a sua lápide, com o emblema e texto que seu hagiógrafo, o Padre Belém, descreve na sua obra Olivença Ilustrada pela vida e morte da Grande Serva de Deus, Maria da Cruz, a qual predizia antes da sua morte que se realizaria aquela capela onde seria enterrada.
Entre as restantes capelas destaca-se a que foi dedicada ao Senhor dos Passos do Bom Fim, que aparece ornamentada no seu exterior com azulejos historiados alusivos à vida e morte de São Francisco de Assis.
Segundo o Professor Doutor Vallecillo Teodoro, cuja referência bibliográfica se facilita, outras destas capelas tiveram também retábulos de talha dourada, embora não tenham chegado até os nossos dias, como os de São João Batista, a Piedade, São Diogo e o Padre Eterno.
São também de destacar os dois púlpitos laterais em mármore, de estilo neoclássico, na cabeceira da nave e, no chão, como nos restantes templos oliventinos, numerosos enterramentos, onde destacam algumas lápides brasonadas da nobreza de Olivença no espaço que precede ao presbitério.